The wikis are now using the new authentication system.
If you did not migrate your account yet, visit https://idp-portal-info.suse.com/

openSUSE:Medical packaging bio

Μετάβαση σε: πλοήγηση, αναζήτηση

Βιολογία - Πακέτα για Βιολογία και Μικροβιολογία

Αυτό το μεταπακέτο συμπεριλαμβάνει εξαρτήσεις για μια συλλογή προγραμμάτων, τα οποία μπορεί να είναι κατάλληλα για τη μοριακή βιολογία, βιοπληροφορική και του τομέα των βιοεπιστημών.

Πακέτο (ο σύνδεσμος οδηγεί σε πλήρης πληροφορίες) Περιγραφή
Acedb Αυτό το πακέτο συλλέγει όλλες τις μικροεφαρμογές τις οποίες το acedb συλλέγει με το 'other' του Makefile. efetch: πιθανώς να σημείνει 'entry fetch' συλλέγει αλληλουχία πληροφοριών από τη βάση δεδομένων των κυρίως DNA και πρωτεϊνών.
Acedb-other-belvu Για την ανάλυση ακολουθιών των βιολογικών δεδομένων, γενική αρχή είναι η αντιστοίχιση περιοχών μεταξύ συνδεδεμένων πρωτεϊνών, RNA ή DNA. Τοποθετημένες η μια δίπλα στην άλλη, με αντιστοίχιση μεταξύ των θέσεων, που έχουν προετοιμαστεί για ευθυγράμμιση. Το Belyu είναι γνωστό για την τέλεια ενσωμάτωση στην μορφή για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών πρωτεϊνών της μορφής της Στοκχόλμης, αφού διατηρούν το έργο. Αυτό χρησιμοποιείται για παράδειγμα στις βάσεις δεδομένων Pfam και Rfam.
Acedb-other-dotter Για την ανάλυση ακολουθιών των βιολογικών δεδομένων, γενική αρχή είναι η αντιστοίχιση περιοχών μεταξύ συνδεδεμένων πρωτεϊνών, RNA ή DNA. Το Dotter εμφανίζει γραφικά την ομοιότητα του DNA ή της ακολουθίας των πρωτεϊνών στην ίδια ή σε άλλη ακολουθία πρωτεϊνών.
Adun.app Το Adun είναι πρόγραμμα προσομοίωσης Βιομορίων, το οποίο παρέχει τη δυνατότητα ανάλυσης και διαχείρισης δεδομένων. Το τμήμα του Adun, «Εργαστήριο Υπολογιστικής Βιοφυσικής και Βιοχημείας», είναι ένα μέρος της "Ερευνητικής Μονάδας Βιοϊατρικής Πληροφορικής" που αναπτύχθηκε από το UPF.
Alien-hunter Η εφαρμογή alien_hunter προβλέπει πιθανή οριζόντια μεταφορά γονιδίων (HGT) χρησιμοποιώντας την εφαρμογή της μεθόδου IVOM (Interpolated Variable Order Motif). Μια τέτοια προσέγγιση χρησιμοποιεί επιπρόσθετες τάσεις με την αξιολόγηση μεταβλητών μοτίβων ακολουθιών και ανακτά την τοπική ρύθμιση ακολουθιών με περισσότερη ακρίβεια από τις μεθόδους που χρησιμοποιούν σταθερές ακολουθίες. Προαιρετικά, οι προβλέψεις μπορούν να μετατραπούν στο Hidden Markov Model (HMM) για την βελτιστοποίηση τοπικοποίησης των προβλεπόμενων περιοχών. Οι προβλέψεις (μορφή EMBL) μπορούν να φορτωθούν αυτόματα στο γονιδίωμα του παρατηρητή "Artemis" που είναι διαθέσιμες στην διεύθυνση http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

Το χειρόγραφο που περιέχει την περιγραφή του αλγόριθμου "alien_hunter" είναι διαθέσιμο στο βιβλίο “Bioinformatics: Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands. Vernikos GS, Parkhill J Bioinformatics. 2006;. PMID: 16837528”

Altree Το ALTree σχεδιάστηκε για να κάνει αναλύσεις βασισμένες στην φυλογενετική. Δεν καθιστά δυνατό μόνο την εξεύρεση σχέσεων μεταξύ ενός γονιδίου και μιας ασθένειας, αλλά επίσης δημιουργεί μια υπόθεση σχετικά με την πιθανή ευαισθησία.
Amap-align Το AMAP είναι ένα εργαλείο γραμμής εντολών, το οποίο μπορεί να εκτελέσει πολλαπλές στοιχίσεις αλληλουχίας πεπτιδίων. Χρησιμοποιεί την "μεταγενέστερη αποκωδικοποίηση" (μια ευθυγράμμιση της ακολουθίας) αντί για παραδοσιακές διαδικασίες μεθόδων ευθυγράμμισης. Είναι η μόνη εφαρμογή ευθυγράμμισης η οποία επιτρέπει τον έλεγχο της ευαισθησίας-ακρίβειας.

Το εργαλείο Java του AMAP 2.2 δεν έχει πακεταριστεί ακόμα για Debian.

Autodock Το AutoDoc είναι ένα αντιπροσωπευτικό πρόγραμμα που προσομοιώνει τον δεσμό ανάμεσα σε ένα σχετικά μικρό ligand και ένα υποδοχέα πρωτεΐνη που έχει μεγάλο μέγεθος σε σχέση με το ligand. Σε προηγούμενες εκδόσεις, τα ligands ήταν πολύ ευέλικτα λαμβάνοντας υπόψιν ότι οι πρωτεΐνες αντιμετωπίζονται ως σταθερές. Η τρέχουσα έκδοση 4, προσθέτει ευελιξία σε ορισμένες πλευρικές αλυσίδες στην επιφάνεια της πρωτεΐνης.

Το AutoDock εκτελεί την σύνδεση του ligand σε ένα σύνολο δικτύων που ορίζουν την πρωτεΐνη-στόχο. Το πακέτο συμπληρώνεται από τα ακόλουθα πακέτα: autogrid